नेपाल के रास्ते भारत में आतंकियों की घुसपैठ
इसके अलावा नेपाल के रास्ते पाकिस्तानी आतंकी खुलेआम भारत आने लगे। भारत और नेपाल के बीच का 1664 किलोमीटर की खुली सीमा आतंकियों, अपराधियों और जासूसों के लिए आसान रास्ता बन गया। खासकर उत्तर प्रदेश और बिहार से लगे जिलों में मुस्लिम बहुल गांवों का इस्तेमाल सीमा पार गतिविधियों को अंजाम देने के लिए किया जाने लगा। सीमावर्ती इलाकों में कई ऐसे मुस्लिम गांव बन गये, जिन्हें 'छोटा पाकिस्तान' तह कहा जाने लगा। इस बात का जिक्र पूर्व राजनयिक एम.के. रसगोतरा ने अपनी किताब में किया है। 1980 के बाद सऊदी अरब ने काफी तेजी फंडिंग की, जिससे भारी संख्या में नेपाल में मदरसों और मस्जिदों का निर्माण हुआ। IB की रिपोर्ट्स के मुताबिक, इनमें से कई ठिकानों का इस्तेमाल लश्कर-ए-तैयबा, हिजबुल और जैश जैसे संगठनों ने सुरक्षित रूट के तौर पर करते रहे हैं। नेपाल का तराई इलाका आज भी भारत की सुरक्षा एजेंसियों के लिए चुनौती बना हुआ है।

1999 में जब काठमांडू से IC-814 फ्लाइट को हाईजैक किया गया, जिससे भारत को मसूद अजहर जैसे खतरनाक आतंकियों को रिहा करने पर मजबूर होना पड़ा, उसने भी नेपाल और सीमावर्ती क्षेत्र में ISI की मदद से नेटवर्क बना लिया था। 2013 में बाटला हाउस एनकाउंटर के बाद यासीन भटकल को नेपाल बॉर्डर से पकड़ा गया। लश्कर का बम एक्सपर्ट अब्दुल करीम टुंडा भी नेपाल में एक्टिन था और स्पेशल ऑपरेशन चलाकर उसे नेपाल से भारत लाया गया था। पाकिस्तान का रिटायर्ड कर्नल हबीब जाहिर नेपाल से गायब हुआ, जिसे भारतीय एजेंसियों की कार्रवाई माना जाता है। यतीश यादव की किताब "RAW: A History of India's Covert Operations" में जिक्र किया गया है कि कैसे R&AW ने नेपाली माओवादी आंदोलन को सपोर्ट किया, जबकि IB कभी-कभी उसी के खिलाफ काम करता रहा। यह खींचतान बताती है कि नेपाल सिर्फ भारत और पाकिस्तान ही नहीं, बल्कि भारत की आंतरिक एजेंसियों के लिए भी 'जंग का मैदान' रहा है।